Người Hà Lan tuyên bố chủ quyền với toàn bộ hòn đảo, song do không thể tiếp cận các dãy núi trung tâm nên sự kiểm soát của họ trên thực tế chỉ giới hạn ở vùng đồng bằng tại bờ biển phía tây, cộng với các khu vực cô lập ở vùng bờ biển phía đông. Lãnh thổ này đã thu được từ năm 1624 đến 1642, hầu hết các làng phải thề trung thành với người Hà Lan và sau đó phần lớn được tự quản. Cách xác nhận chủ quyền của người Hà Lan là đem một số loài cây đặc hữu (thường là cau hay dừa) từ đô thị của Thống sứ trồng xuống các vùng đất, từ đó biểu thị vùng đất này thuộc về Hà Lan. Thống sứ sau đó sẽ trao cho thủ lĩnh của làng một quyền trượng biểu tượng cho quyền lực và một Prinsenvlag ("Cờ của ông hoàng", cờ của Willem Người im lặng) để trưng tại các ngôi làng.

Thống sứ Formosa (tiếng Hà Lan: Gouverneur van Formosa; tiếng Trung: 台灣長官, Hán Việt: Đài Loan trưởng quan) là người đứng đầu chính quyền. Được bổ nhiệm bởi Toàn quyền Đông Ấn Hà Lan tại Batavia (nay là Jakarta, Indonesia), Thống sứ Formosa được trao quyền lập pháp, thu thuế, tiến hành chiến tranh và tuyên bố hòa bình thay mặt cho Công ty Đông Ấn Hà Lan (VOC) và do đó là cánh tay nối dài của nhà nước Hà Lan.

Hội đồng Tayouan sẽ hỗ trợ Thống sứ hoàn thành nhiệm vụ. Hội đồng này bao gồm các cá nhân nổi bật cư trú tại Tayouan. Chủ tịch của hội đồng này là cấp phó của Thống sứ, và sẽ tiếp nhận vị trí lãnh đạo nếu Thống sứ chết hoặc mất năng lực. Dinh của Thống sứ nằm tại pháo đài Zeelandia tại Tayouan (khi ấy là một hòn đảo, nay là khu An Bình của thành phố Đài Nam). Có tổng cộng 12 thống sứ trong thời kỳ đô hộ của Hà Lan.[11]